Колодцы — это наземные натуральные структуры, встречающиеся в пустынных биомах, появившиеся в версии 12w04a. Колодцы полностью состоят из песчаника. Основание 5х5 блоков состоит из песчаника, который квадратами 2х2 располагается в углах основания, и песчаниковых плитах, расположенных по краям основания между этими квадратами. Далее присутствуют колонны высотой в два блока, стоящие на внутренних углах квадратов основания. На колоннах находится крыша площадью 3х3 из песчаниковых плит с песчаником в центре. Внутри колодца находится пять источников воды.
Ещё колодец есть в деревнях NPC. Являет собой дыру размером 2x2 блока, заполненную водой и окруженную булыжником. Крыша над колодцем сделана из булыжника и опирается на забор. Обычно глубина колодцев составляет 10 блоков, однако в режиме суперплоскость его глубина равна 4 блокам. В деревне находится всего один колодец. Чаще всего колодцы размещены около центра деревни на перекрестке дорог. Колодец является бесконечным источником воды. Иногда жители могут залезть в колодец, но обратно уже не могут выбраться.